В соответствии с учебными планами МБОУ «Гимназия №2» на 2020-2021 учебный год обучение в гимназии ведётся на русском языке. Изучается Башкирский язык как государственный язык Республики Башкортостан в 1-9 классах. Кроме того, ведется изучение родных языков в 1-11 классах (русский, татарский).
Во 2-11 классах изучается английский как иностранный язык. В 5-9 классах изучается второй иностранный (немецкий, французский) язык.